Facturation électronique : ce que la réforme change à la pratique contractuelle des entreprises

La généralisation de la facturation électronique, issue de l’article 26 de la loi de finances rectificative pour 2022, entre en vigueur le 1er septembre 2026. Cette réforme poursuit un objectif d’abord fiscal : lutter contre la fraude à la TVA, pré-remplir les déclarations, améliorer la connaissance en temps réel de l’activité des entreprises et le pilotage des politiques publiques. À l’approche des échéances, les équipes sont concentrées sur un seul objectif : émettre et recevoir les factures dans les formats requis, pour être en conformité.

C’est la dernière ligne droite avant l’échéance du 1er septembre 2026, et la pression est plus forte encore pour les grandes entreprises et les ETI, qui devront émettre leurs factures selon ce format dès cette date. Dans cette course à la conformité, les effets du déploiement sur la relation contractuelle entre fournisseurs et clients ne sont pas traités. Ce n’est sans doute pas la priorité. Le recul manque aussi : tant que le dispositif n’est pas déployé et que les entreprises ne sont pas confrontées aux premiers litiges, il est difficile de se projeter. Les conséquences de la mise en place de ce dispositif doivent pourtant d’être anticipés dès maintenant.

La facture est bien plus qu’un document comptable

La facture est un document comptable, avec un enjeu fiscal de premier ordre : elle fait apparaître la TVA et conditionne le droit à déduction de celui qui la reçoit. Il est donc naturel que les premiers mobilisés par la réforme soient les comptables, les directions financières et les éditeurs de logiciels.

Pourtant, sur le plan de la relation contractuelle, la facture est bien plus que cela. Elle fixe et constate le montant de la créance. Elle déclenche le délai de paiement et, avec lui, le droit éventuel à des pénalités et/ou intérêts de retard. Elle sert de support à la contestation : c’est à réception de la facture que le client conteste un prix, une quantité, une prestation. Elle est enfin un élément de preuve central dans les litiges relatifs à l’exécution du contrat. Dans la vie des affaires, la facture est le point de rencontre entre l’exécution du contrat et son paiement.

Avant, après : ce que la réforme change au circuit de la facture

Jusqu’ici, le cycle de facturation était mi-dématérialisé, mi-papier. La transmission empruntait un canal simple : la facture, produite par la solution de facturation interne pour les entreprises les plus structurées, parvenait au destinataire par courriel ou par voie postale. La facturation électronique existait déjà, le code général des impôts l’admettait, sous réserve de l’acceptation du destinataire, sous forme d’échanges de données informatisés ou de factures signées électroniquement, mais le schéma était différent : il reposait sur un choix des parties, pas une obligation, et sans passage par un tiers imposé. Une facture papier scannée, un PDF ordinaire envoyé par courriel ne seront d’ailleurs plus des factures conformes. La facture électronique au sens de la réforme respecte un format structuré, comporte ses mentions obligatoires dans des champs dédiés et transite par une plateforme agréée. A l’instar de la signature électronique qui elle suppose le respect de conditions techniques en conditionnant la validité et l’opposabilité.

En cas de non-conformité ou de contestation, des échanges s’enchaînaient : courriels, appels, courriers. C’étaient des échanges entre personnes.

Nous passons à un tout autre schéma. Les factures entre les entreprises établies en France et assujetties à la TVA française seront émises, transmises et reçues sous forme électronique, en recourant à une plateforme agréée par l’administration, point de passage obligé des factures comme des données transmises à la DGFiP. Le cycle devient tracé, jalonné d’étapes, avec des statuts, des refus, et une identification des non-conformités en cours de route. Un exemple : une facture à laquelle il manquait une mention obligatoire était, hier, comptabilisée et payée sans difficulté. À terme, elle sera arrêtée en chemin.

La bascule se fera en deux temps. Au 1er septembre 2026, toutes les entreprises devront pouvoir recevoir des factures électroniques et les grandes entreprises comme les ETI devront les émettre sous cette forme. Les PME et les TPE suivront pour l’émission au 1er septembre 2027. Pendant cette phase de déploiement, le double canal va certainement continuer.

Les statuts de la facture, simples outils techniques en apparence, éléments déterminants des différends de demain

L’un des apports les plus significatifs de la réforme réside dans la création de statuts normalisés associés à la facture : dépôt, mise à disposition, rejet, refus, encaissement notamment. Ces statuts circulent entre plateformes et sont horodatés. Tous n’ont pas le même régime : certains sont obligatoires, d’autres facultatifs, laissés à la main des plateformes et de leurs clients. Cette part de liberté est une opportunité : les parties peuvent s’en saisir et régler, par des processus contractuels, l’usage des statuts facultatifs (qui les active, dans quel délai, avec quels effets entre elles).

À première vue, ces statuts apparaissent comme de simples outils techniques. En pratique, ils sont susceptibles de devenir des éléments déterminants dans le règlement de nombreux différends commerciaux.

Prenons l’exemple du refus d’une facture. Le dispositif permet au destinataire de refuser une facture pour certains motifs précisément définis. En revanche, une contestation portant sur le prix, la qualité de la prestation ou la conformité des marchandises ne relève pas nécessairement des mécanismes de refus prévus par la plateforme. Comment articuler alors les procédures contractuelles de contestation existantes avec les nouveaux statuts du système de facturation électronique ? La question est loin d’être théorique et la loi ne dispose rien sur ce point.

De même, le délai de paiement conventionnel (plafonné à soixante jours ou à quarante-cinq jours fin de mois) court à compter de la date d’émission de la facture. Or le nouveau schéma dissocie l’émission, le dépôt sur la plateforme et la mise à disposition effective au destinataire : ces moments seront chacun horodatés, et ils ne coïncideront pas toujours. Comment articuler la date d’émission, qui déclenche le délai, et la date de réception, à partir de laquelle le client peut réellement traiter la facture ? Les parties ont intérêt à le préciser.

La réforme renforce également la traçabilité des échanges. Les informations enregistrées par les plateformes pourraient demain constituer des éléments de preuve particulièrement importants dans le cadre de contentieux portant sur l’exécution des obligations de paiement.

Délais de paiement : chaque encaissement laissera une trace

Un point mérite d’être gardé à l’esprit. Avec la réforme, les données d’encaissement seront remontées à l’administration fiscale par les plateformes agréées. L’administration annonce d’ailleurs elle-même, au titre des bénéfices attendus, un « plus grand respect des délais de paiement ». Or, la DGCCRF mène une politique de contrôle active des délais de paiement, pouvant entraîner des amendes lourdes et systématiquement publiées, et la loi organise déjà la communication de tous documents et renseignements entre ses agents et ceux de la DGFiP. Ainsi, une donnée exhaustive et horodatée des facturations et des encaissements pourrait faciliter ce contrôle : c’est précisément ce que la réforme apporte.

La plateforme agréée est un maillon clé, mais reste un prestataire informatique

La plateforme agréée occupe un rôle clé dans ce nouveau schéma. C’est elle qui inscrit l’entreprise dans l’annuaire central, l’identifie auprès du concentrateur de données de l’administration, transmet et reçoit ses factures, achemine les données de transaction et de paiement à la DGFiP. Chaque entreprise choisit librement sa plateforme et rien n’impose qu’elle soit celle de son client ou de son fournisseur.

Pour autant, une plateforme agréée reste un prestataire informatique. L’agrément délivré par l’administration (une immatriculation de trois ans, renouvelable) atteste sa conformité aux exigences du dispositif ; il ne garantit ni sa pérennité, ni la qualité de son service, ni l’équilibre de ses conditions contractuelles. La loi encadre la plateforme dans sa relation avec l’administration : l’immatriculation peut être assortie de réserves et retirée, ses manquements aux obligations de transmission sont sanctionnés par une amende de 50 euros par facture, plafonnée à 45 000 euros par an, et, en cas de changement de plateforme, l’ancienne doit fournir des services minimaux pendant un an au moins. Rien, en revanche, sur sa relation avec son client. Celle-ci relève du contrat : la plateforme doit être choisie et encadrée comme tout prestataire critique (niveaux de service, délais de rétablissement, plafonds de responsabilité, sort et restitution des données de facturation, conditions de sortie).

Entre fournisseur et client : une chaîne d’intervenants, et des défaillances que seul le contrat répartit

La relation bilatérale entre fournisseur et client devient une chaîne : le fournisseur, sa plateforme agréée, la plateforme agréée du client, le client, auxquels s’ajoute le concentrateur de données de l’administration, qui assure aussi la fonction d’annuaire central.

Chaque intervenant peut défaillir. Erreur d’adressage liée à l’annuaire, indisponibilité de la plateforme, facture rejetée pour un motif technique, retrait d’immatriculation en cours de contrat. Les textes organisent les conséquences fiscales de ces défaillances : des obligations et des sanctions sont prévues pour chacun. Ils n’en organisent pas les conséquences civiles et commerciales. Si une facture n’est jamais parvenue au client du fait d’une plateforme, qui supporte le retard de paiement, les pénalités, voire les conséquences d’une livraison ou d’une prestation suspendue pour impayé apparent ?

Sur ce point, les textes spéciaux sont muets. Il n’y a pas pour autant de vide juridique, le droit commun s’applique, mais ces solutions générales laisseront place à l’incertitude. En attendant un retour d’expérience sur la pratique, c’est au contrat d’organiser ces situations. Les parties peuvent stipuler une procédure dégradée en cas d’indisponibilité des plateformes, une neutralisation des pénalités lorsque le retard est imputable à un intermédiaire technique, une obligation d’alerte réciproque. Une annexe « facturation électronique » au contrat-cadre, révisable à mesure que la pratique se stabilise, paraît un véhicule adapté : elle fixe l’organisation sans rigidifier le contrat.

La période transitoire concentre les risques, et l’enjeu n’est pas le même pour tous

Entre le 1er septembre 2026 et le 1er septembre 2027, deux catégories d’assujettis vont coexister. Ceux (grandes entreprises et ETI) qui émettent et reçoivent sous forme électronique. Ceux (PME et TPE) qui reçoivent obligatoirement, mais peuvent encore émettre par les canaux traditionnels. Les entreprises vont sans doute maintenir un double canal, le temps de fiabiliser le dispositif et de pallier les indisponibilités techniques.

Les erreurs possibles sont identifiables dès aujourd’hui. Une facture adressée à la fois par la plateforme et par courriel, enregistrée deux fois, payée deux fois. Un avoir circulant sur un canal quand la facture initiale a emprunté l’autre.

L’enjeu n’est pas le même selon la position occupée. Le client qui traite avec une multitude de fournisseurs doit organiser la détection des doublons et le contrôle de ses canaux de réception. Le fournisseur qui émet quelques factures par mois doit surtout sécuriser la preuve de la mise à disposition de ses factures. Les stipulations utiles diffèrent donc d’une entreprise à l’autre ; une clause type ne suffira pas. Dans bien des cas, les contrats en vigueur n’apportent aucune réponse à ces questions parce qu’ils ont été rédigés dans un environnement qui disparaîtra progressivement. L’analyse doit partir de la cartographie des flux et des procédures internes de chacune.

Anticiper maintenant, réviser ensuite

De fait les stipulations actuelles des contrats des entreprises risquent d’être inadaptées à la réalité de cette nouvelle façon de procéder dans les relations entre les entreprises.

Il faut faire preuve d’anticipation : identifier les problématiques techniques et opérationnelles, organiser leur traitement dans le contrat, quitte à réviser au fur et à mesure du retour d’expérience.

La facturation électronique n’est pas qu’un chantier de conformité. Elle change la manière dont les entreprises constatent, réclament et contestent la contrepartie de leurs engagements. Les entreprises doivent dès que possible faire entrer dans leurs contrats ce nouveau schéma, avant que les premières difficultés ne les pénalisent dans le recouvrement des sommes qui leur sont dues et génèrent pour elles inutilement du contentieux.

Références

• Loi n° 2022-1157 du 16 août 2022 de finances rectificative pour 2022, art. 26.
• Loi n° 2023-1322 du 29 décembre 2023 de finances pour 2024, art. 91.
• Loi n° 2026-103 du 19 février 2026 de finances pour 2026, art. 123.
• Ordonnance n° 2025-1247 du 17 décembre 2025 portant recodification de la taxe sur la valeur ajoutée et diverses modifications du code des impositions sur les biens et services.
• Code général des impôts, art. 289, VI et VII (droit antérieur) ; art. 289 bis, 289 E, 290 A et 290 B (versions applicables au 1er septembre 2026) ; art. 1737, III, IV, IV bis et V.
• Code de commerce, art. L. 441-10 et L. 441-16.
• Livre des procédures fiscales, art. L. 83 A.
• Décret n° 2022-1299 du 7 octobre 2022 et arrêté du 7 octobre 2022 relatifs à la généralisation de la facturation électronique.
• DGFiP, « Facturation électronique : guide pratique de démarrage au 1er septembre 2026 », impots.gouv.fr.
• DGCCRF, « Délais de paiement interentreprises : 248 entreprises contrôlées et près de 30 millions d’euros de sanctions administratives prononcées », actualité du 21 juin 2024, economie.gouv.fr.