Arrêts de travail plafonnés : ce que le décret du 12 juin 2026 change concrètement pour les employeurs

Depuis le 1er septembre 2026, la durée des arrêts de travail prescrits par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme est encadrée par un plafond légal. Une réforme présentée comme technique, mais qui impose aux employeurs — et à leurs conseils — une mise à jour immédiate de leurs pratiques RH et de leurs procédures de contrôle.

Durée des arrêts de travail : ce qui change depuis le 1er septembre 2026

Le décret d’application de l’article L. 162-4-1 du Code de la sécurité sociale, publié le 12 juin 2026, plafonne pour la première fois au niveau national la durée de prescription des arrêts de travail :

• 31 jours maximum pour une première prescription ;
• 62 jours maximum en cas de prolongation ;
• 3 jours seulement lorsque l’arrêt est prescrit en téléconsultation par un praticien qui n’est pas le médecin traitant du patient.

Ces plafonds ne sont pas absolus : le praticien peut y déroger s’il justifie, directement sur la prescription, de la nécessité d’une durée plus longue au regard de la situation du patient, le cas échéant en s’appuyant sur les recommandations de la Haute Autorité de santé. L’arrêt doit désormais également mentionner les éléments médicaux justifiant l’interruption du travail.

Objectif affiché par le gouvernement : encadrer les dérives constatées avec l’essor de la télémédecine, qui a facilité la délivrance d’arrêts sans consultation physique ni suivi réel du dossier médical.

Pourquoi ce texte concerne directement les employeurs

À première vue, cette réforme relève du droit de la sécurité sociale et s’adresse aux médecins prescripteurs. En pratique, elle a trois conséquences directes pour les entreprises et leurs services RH :

1. Un nouveau réflexe de contrôle de conformité.Un arrêt de travail reçu par l’employeur doit désormais pouvoir être confronté à ces plafonds. Un arrêt initial de plus de 31 jours sans mention de dérogation médicale justifiée, ou un arrêt de téléconsultation dépassant 3 jours, constitue un signal qui doit être identifié par le service RH ou paie — sans pour autant que l’employeur ait le pouvoir de le contester lui-même : c’est un motif d’alerte, pas un motif de refus automatique de prise en charge.
2. Un impact sur la gestion de la subrogation et des IJSS.Les arrêts non conformes aux plafonds, ou dépourvus des mentions médicales requises, exposent à des difficultés de prise en charge par l’Assurance maladie. Pour les entreprises pratiquant la subrogation, cela signifie un risque accru de rejets ou de retards de versement des indemnités journalières, avec un impact direct sur la paie.
3. Une articulation à sécuriser avec le contrôle patronal.Les entreprises qui pratiquent la contre-visite médicale doivent désormais intégrer ces plafonds dans leur grille d’analyse : un arrêt prolongé au-delà des seuils sans justification apparente peut légitimement renforcer la pertinence d’un contrôle.

Ce que les entreprises doivent faire dès maintenant

• Mettre à jour le livret d’accueil et les procédures internes de gestion des arrêts de travail pour intégrer les nouveaux plafonds et le circuit d’alerte en cas d’arrêt atypique.
• Former les gestionnaires paie et RH à repérer les arrêts de téléconsultation hors médecin traitant (souvent identifiables par le cachet du praticien) et à vérifier la présence des nouvelles mentions médicales obligatoires.
• Revoir les modèles de courrier adressés aux salariés en cas d’arrêt prolongé, pour tenir compte du nouveau cadre plutôt que de se référer aux seules règles conventionnelles ou internes préexistantes.
• Anticiper les échanges avec les CPAM en cas de rejet de prise en charge lié à un arrêt non conforme, notamment pour objectiver rapidement la situation du salarié concerné.
• Sensibiliser les managers de proximité, en première ligne pour recevoir les arrêts, sans toutefois leur laisser interpréter seuls la validité médicale d’une prescription — ce contrôle reste l’apanage du service RH, voire du médecin-conseil en cas de contre-visite.

Un point de vigilance : ne pas confondre plafond légal et pouvoir de contestation de l’employeur

Le nouveau plafond ne donne à l’employeur aucun droit nouveau pour refuser un arrêt de travail. Il ne s’agit pas d’un outil de contestation directe, mais d’un cadre de référence qui structure désormais l’appréciation de la régularité formelle de la prescription — appréciation qui reste, in fine, du ressort de l’Assurance maladie et, en cas de contrôle patronal, du médecin missionné par l’employeur. Les praticiens conseillant des entreprises doivent donc veiller à ne pas laisser leurs clients tirer de ce texte des conclusions excessives sur leurs marges de manœuvre face à un salarié en arrêt.

Durée des arrêts de travail : les nouveaux plafonds en synthèse

Ce texte, encore peu anticipé par de nombreuses directions RH, mérite un accompagnement rapide des entreprises : mise à jour documentaire, formation des équipes paie, et clarification du rôle de chacun dans la chaîne de contrôle des arrêts de travail.

Sources : décret du 12 juin 2026 pris pour l’application de l’article L. 162-4-1 du Code de la sécurité sociale ; Journal officiel ; ministère de l’Économie, information gouvernementale « Ce qui change en septembre 2026 ».

​Vous êtes confronté à une problématique de gestion d’arrêts maladie, contactez-nous.

Article écrit par Olivier Paquereau